Çubuk Atıksu Arıtma Tesisi, ilçe merkezi ve bağlı mahallelerin atıksularını arıtmak amacıyla inşa edilmiştir. Tesis 25.068 m³/gün kapasiteli ve 108.939 kişi eşdeğer nüfusa göre, “A2/O Sistemi” ile çalışacak şekilde “İleri Biyolojik Arıtma Sistemi” olarak tasarlanmıştır. Arıtılan sular, Çubuk Çayı’na deşarj edilmektedir.